为了使石蜡能够浸入到组织块内，必须经过一种既能与脱水剂混合，又能与石蜡相溶的媒介物质，这个过程称透明。目前最好的透明剂是二甲苯。很多人认为二甲苯极容易使组织发脆，这个观点并不正确，在固定充分、脱水彻底的情况下，二甲苯并不会引起组织发脆，相反会使某些组织结构比较质韧的组织（比如子宫肌瘤等）由于透明充分而变的更好切。而所谓的发脆，往往是组织浸蜡充分，使组织恢复到其原有的质地，在蜡块冰冻的情况下产生的，如果用冰水或常温切片，就不会有脆的现象。所以二甲苯透明（2道）各30-60分钟，如果有时间，时间可以更长，透明充分，蜡也能浸的更充分，那怕就是透明过夜，甚至60度过夜也没有问题。但如果组织内有极少量水份且组织较小或较薄时，二甲苯在高温下将水“析”出或水份挥发，在此过程中可能会导致组织干烤，从而导致组织发硬（具体原因不明）。

组织透明后，在熔化的石蜡内浸渍的过程称为浸蜡。目的为了使石蜡渗透到组织中去。浸蜡温度过高（超过60℃），如果小组织内含有少量水份，会导致小组织发硬，还会使组织内的抗原受到破坏；所以浸蜡用的石蜡熔点应该在54-56℃左右（三道），时间：第一道：石蜡30分钟；第二道：石蜡60分钟；第三道：石蜡，90分钟以上。浸蜡温度控制在56～58℃左右。（第一道也可用硬脂酸石蜡1：3混合浸蜡，不仅可软化组织，特别适用于比较韧、硬的组织，而且由于硬脂酸是弱酸性的，染色后核浆比比较鲜明，缺点是容易脱片，疏松组织在展片时容易散开，所以要用后面几道石蜡尽可能将硬脂酸洗净。所以一般不要使用此法）。用开放式的脱水机最好每天打开第一道石蜡的盖子，让二甲苯挥发掉。浸蜡用的石蜡如有杂质应该过滤，以防吸入组织内，造成切片刀刀口受损，或切片破碎和划痕增多。