染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation，chip)被用来研究细胞内DNA与蛋白质相互作用，具体来说就是确定特定蛋白(如转录因子)是否结合特定基因组区域(如启动子或其它DNA结合位点)——可能定义顺反组。ChIP还被用来确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶类的靶标)。一般认为这些DNA顺序在活体内与所研究蛋白结合，ChIP是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。

如上图所示，细胞裂解液里的蛋白和相关染色质暂时结合;DNA-蛋白复合物被剪切，与所研究蛋白相关的DNA片断被选择性免疫沉淀;相关DNA片断被纯化，顺序被测定。

ChIP是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的dna片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选;CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点;RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。由此可见，随着CHIP的进一步完善，它必将会在基因表达调控研究中发挥越来越重要的作用。